九月初，刘裕离开郑城，前往长安，得到消息的前锋主帅王镇恶立即赶往灞上，迎接最高统帅的到来。

王镇恶此次率军拿下长安，成为平定姚秦的首功之臣，本来该是重赏，可是对于他，刘裕在赏识之余却是心存疑虑----王镇恶的能力不在萧正峰之下，而且前次弘农募粮，足见其在关中民众之间的强大影响力。这样的人才华与功绩具有，可是其行事个性太过突出，有时候不听指挥，擅自进兵，甚至纵兵掳掠，也有恃功而骄之嫌。

刘裕与王镇恶终于在灞上相见了，王镇恶见到刘裕纳头便拜：“前锋先锋官龙骧将军王镇恶拜见太尉大人。”

刘裕赶紧虚扶起王镇恶，对于首功之人，他当然不吝赞誉之辞：“帮助我成就大业的，是将军你呀！”

“太尉谬赞了，这次成功，全都是仰仗太尉您的威名，以及将士们舍生忘死的努力，我王镇恶哪有什么功劳？”

刘裕听后，笑道：“将军过谦了。”

一切顺遂，前锋主帅王镇恶在一片和谐友好的氛围下将统军主帅刘裕迎入了长安城。一入长安，刘裕就用实际行动证明了姚佛念的预言：秦主姚泓押送至建康，在大晋臣民面前枭首，以宣示这次北伐的赫赫战功。其余姚秦皇族以及宗亲大臣，男人就地斩首，女子没入官奴，赏赐给北伐的晋军将士。

虽然刘裕进驻长安以后，着人及时贴出了安民告示，但是姚秦本族羌人由于恐惧，纷纷离开已经生活了几十年的土地，形成浩浩荡荡十几万人的难民潮，向陇西方向大逃亡。刘裕命萧正峰率军追击，萧正峰领命，带着沈田子部一同前往。

“侯爷，前面就是羌人的难民潮了，我们怎么办？”

“传令下去，让将士们跑马圈地，尽量将他们围拢起来。等羌人队伍停了下来，你部每队派出一名能言善辩的军士，向他们宣传我大晋对待普通羌人的办法----希望他们回到关中原居地，一切待遇与华夏族人相等。”

“侯爷，这----羌人始终是个隐患，不如趁此机会削弱他们的实力。”沈田子比了个以手作刀的手势。

“糊涂！”萧正峰叱道，“杀羌人易，但是人心也就失了，羌人在此生活几十年，势力并不像表面上看起来那么简单，他们这么多人能及时地涌出长安城就可见一斑，甚至可以说他们早已与当地的华族融为一体。今天我们杀了他们，落下个残暴之师的恶名，以后这里可就不好统治了。我们大晋攻灭姚秦，一则为了收回故里，二则也是希望此地百姓，无论华夷，皆能安居乐业。这样俘获关中民心，我们大晋在此的统治才能长久，太尉以后的计划才可得意实施。切不可目光短浅，做出一些短视的行为而后患无穷啊。”

沈田子心中不以为然，口中却是唯唯，“可是侯爷，羌人太多，我们的追兵也就一万来人，围捕不了他们这么多人呀。其实太尉大人派出这一万精锐，肯定也是……”

“好了，多说无益，尽量围起来吧。”萧正峰的语气中透着不耐烦。

“诺。”见萧正峰有些着恼，沈田子赶紧应道。

羌人队伍的前头，人头攒动，面对晋人的追骑，他们只能双眼无神地哭泣----国破家亡，国既不在了，他们个人也只能任人蹂躏了。

“羌人兄弟们，我们可不能做晋狗，前面就是大夏国的地盘，我们再跑一跑，就能逃出生天了。”一位长相精瘦的胡人，跃众跳了出来大声疾呼。

本来还算平静的羌人队伍经这名胡人汉子一鼓捣，又开始熙攘了起来。

萧正峰望着羌人队伍前头喧嚣的场景，以他目前的眼力，他似乎看清了一人----一个似曾相识的人影，在记忆的深处，却一时又想不起来。

“侯爷，我去教训教训那小子。”沈田子怒道。

“算了，人各有志，他真想走，我们也不拦着，告诉将士们，那些愿意留下的羌人，我们护送他们回长安城，那些愿意走的，就让他们走吧。”

“诺。”沈田子答应道，然而他暗暗地却派出得力部下，让他们在方便的时候杀了那个胡人汉子。

萧正峰率领晋军最终用了几日的功夫，终于带着一万多人的羌人重新回到了长安城。刘裕对此只是淡淡地说了声“知道了”，既不表功，也不批评，让人弄不清他是什么意思，然而萧正峰却是处之泰然。

晋军收罗了姚秦建国以来收集的各种国宝，包括彝器、浑天仪、土圭、记里鼓车、指南针等，都作为战利品，被送往建康。姚秦国库中积存的大量金帛珠宝，则被刘裕全部拿出来赏赐给了参与北伐的体将士。

赏赐完了有功之臣，刘裕亲自前往长安北郊的武陵原，做了一件很有象征意义的事情----拜谒了汉高祖陵，向这位逝去已久的旁系远祖致敬。随后，刘裕大会文武于长安未央宫文昌殿。

当迈进这座因为历经六百多年沧桑，已显得有些破旧，但仍然雄伟壮丽的巨大宫殿时，刘裕向属下征求意见：打算将晋朝的都城由建康迁回洛阳。但这个提议立即遭到了下属的反对，理由是将士出征太久，思乡欲归。出人意料的是提出这一反对意见的人并不是南方土著，恰恰是生于太原，在北方长大的老将王仲德。

北府兵乃是募兵，他们打仗的动机就是为了功名富贵，升官发财。灭姚秦使晋军将士们在经济上获得一次大丰收，他们此时多数人的所思所想已经不是追随刘裕打仗，立更大的功，拿更多的赏，而是带着已经不算少的赏钱回到家乡，和妻儿老小一起平平安安地过丰衣足食的日子。他们在富足之后开始厌战，战斗力也因此衰减。

军队就是身家，身体与家庭当然要好好呵护，因此刘裕一般不会做过分违逆军心的事。刘裕知道王仲德的话代表了大部分将士的心声，于是迁都的动议就这样终止了。

迁都终止，但刘裕为计划中的下一步行动，做了一些筹备工作，直到两个月后。义熙十三年十一月三日，这一天，留在建康为刘裕全权处理后方事务的刘穆之积劳不治逝世，享年五十七岁。

不久后，消息传之长安，刘裕为之大恸，一连好几天，悲痛流泪不能自已。刘裕这一辈子，能让他真正信任并委以重任的人不多，算下来不过刘道规、萧正峰、刘敬宣、刘穆之四个人而已，现在四去其三。特别是精于内政的刘穆之逝世，更给刘裕带来无法弥补的巨大损失，而且还是在最需要他的时候。

太尉主簿谢晦从刘裕异常的表现中觉察到必然发生了变故，听闻刘穆之已死，他偷阅了建康送来的折子，不由大为欣喜：自己与刘穆之原为知己，现成仇雠。如今刘穆之死了，阻止自己高升的最大障碍终于见阎王爷去了，以后可就前程似锦！没过多久，谢晦果然升任从事中郎。

谁来代替刘穆之？刘裕最初打算让王弘接替，但谢晦劝阻说道：“王弘为人过于夸夸奇谈，不如徐羡之老成稳重。”于是，原本已是刘穆之副手的徐羡之成为留守朝廷的实际负责人。

可惜谢晦所说的老成稳重背后的含义是平庸无能，这也是谢晦推荐他的原因之一。徐羡之继承了刘穆之的职位，却不可能担当刘穆之的责任。过去由刘穆之处理的大量公务，现在在徐羡之手里汇总之后，又都得送往几千里外的长安，交由刘裕决断。

将士思归，刘穆之死后，大军的后勤保障不可靠，再加上留守中央过于软弱，刘裕担心会有司马宗室或其他隐藏的敌对人物，仿效他当年的故技，突然发动一次政变，那就有大麻烦了。于是，在反复权衡利弊之后，刘裕决定暂时放弃经营西北的打算，率大部分将士东归，毕竟先稳住势力根本最要紧。

不过，已经打下来的地盘刘裕也不打算送人，所以他特意安排次子刘义真，担任都督雍、梁、秦三州诸军事，安西将军，兼雍、东秦二州刺史，成为关中地区名义上的最高负责人。

刘义真乃是二十啷当岁的小子，无论朝政还是军争都无经验，其实做不了什么事，其实关中的实际负责人乃是太尉府谘议参军王修，王修被改任为安西长史，实际负责关中的政务；在这次北伐表现抢眼的王镇恶加授安西司马兼冯翊太守，实际负责关中的防务。其余留守关中的大将沈田子、傅弘之、毛德祖等人都受王镇恶节制。

这样的人员安排，如不出意外，守好关中，问题不大。不过有人对这样的安排很不满意，沈田子认为，王镇恶的成功，纯粹是自己让出来的，而且论资历王镇恶也比自己浅，凭什么反而位居自己之上？于是他拉上傅弘之，悄悄向刘裕禀报：“王镇恶乃是关中人，让他守关中，难保他不会自立为关中王。其实这次留守关中的最佳人选应该是平西侯萧正峰，无论功绩还是德行，众将都心服口服，这样有利于关中的稳定。而且萧侯对太尉您忠心耿耿，绝没有背叛一说。”

刘裕之所以让王镇恶守关中，是有考量的，而留沈田子的目的，也正是为了牵制王镇恶，所以他解释道：“我之所以留下你们这些将军还有精兵一万，意思还不清楚吗？假如王镇恶真有什么异心，不过自取灭亡罢了，还有什么话说。你们几十个人，还怕对付了王镇恶？至于平西侯，我对他另有安排，这个你们就不需要过多操心了。”

随着晋军即将班师的消息传开，不少关中父老听说刘裕要回去了，便自发组织起来，前往晋军大营门前求见请愿。他们非常伤感，等见到刘裕，都流着泪挽留。

看着百姓充满殷切的目光，听着他们的挽留之言，刘裕也很动情，但难过归难过，理智让刘裕最终选择了东归。于是，刘裕回去了，轰轰烈烈的二次北伐到此戛然而止。