两封信所透露的信息虽然有着危险，但刘裕的心中更加欣慰：刘穆之和刘敬宣果然是我的人，没有辜负自己对他们的信任。那么，对那个已经辜负了自己的人，还有必要继续包容吗？
刘裕在大帐中慢慢踱着步子，心忖：“诸葛长民如果真发动叛乱，虽然肯定会被自己打败，但那样一来，自己的家小，一班将领们的亲属，刘穆之等人都会有危险，而且刚刚恢复安定的建康城也可能再遭破坏，这些都是应该极力避免的。而避免这一切的发生，要做的就是尽量不要刺激诸葛长民，因为他那个人，只要还能苟活，多半就会选择苟安。”
最终，刘裕选择了暂时隐忍，他在荆州一呆三个月，迟迟不见回去。曾劝刘裕不可让刘毅带兵讨伐卢循的王诞，此时向刘裕请求先回建康。
刘裕对他说道：“诸葛长民已经起了作乱的心思，你现在回去，不怕有危险吗？”
王诞回道：“长民知道我一向很受刘公的信赖，如今刘公让我一个人轻身回去，正好显示刘公对他并无怀疑，他就不会轻易造反了。”
刘裕笑道：“你的勇气超过孟贲、夏育了！”
于是刘裕就让王诞先回，果然，诸葛长民见王诞毫无防备地回来，认为事情还有转机，更加下不去反叛的决心了。
刘裕终于宣布他要回建康了，并公布了回去的日程表。眼看刘裕宣布的日期到达，诸葛长民不敢怠慢，他率领留守建康的文武百官前往新亭迎接。谁知这一等就是一整天，一直不见刘裕船队的影子，直到临近傍晚，才有人来通知道：“众位大人不用等了，刘公有事耽搁了，明天才到。”
第二天，诸葛长民和各位大臣又在新亭等候，奈何结局也和第一天相同，刘裕又有事了，归期又推迟了！接下去的第三天、第四天，如第一天一般，还是没能等来刘裕。众大臣们虽然不乐意，但又不敢不去，只是在心里犯嘀咕：刘大都督该不是有意耍我们吧？
义熙九年二月三十日夜，刘裕突然乘坐着一条不起眼的小船到达建康，他只在萧正峰等数名亲信的陪同下秘密回到自己的太尉府，除刘穆之等极少数亲信外，建康城中几乎无人知晓。
第二天一早，诸葛长民原本还打算再去新亭熬时间呢，正准备动身的时候，他突然接到刘裕已经回到京城的通知，不由地大吃一惊。仓促间，他已经不可能再做出别的什么反应，只好硬起头皮，前往太尉府拜见刘裕。
出乎诸葛长民的意料，刘裕的表情格外的和蔼，完全看不到暴风雨来临前密布的乌云。稍过了一会儿，刘裕将诸葛长民请进内室，命所有侍从都出去，只留下他们两个人同床对坐，叙谈旧日情谊。
刘裕说得很动情，他的一生已经历了如此多的惊心动魄，如此多的九死一生，站在人上人的颠峰，回顾崎岖的的攀登之路，其中有多少是不能说的隐密？又有多少是不足为外人道的伤痛？然而，在这个时候，刘裕全都毫无隐晦，向诸葛长民全部和盘托出了，仿佛对面坐着的那个人，并不是不久前还谋划反叛的异己分子，而是自己失散多年的生死至交，在历尽艰险死里逃生之后又再度相遇。
面对刘裕的“赤诚”，诸葛长民则又惊又喜，恍惚间似乎时光又回到了当年一同歃血结盟，密谋反桓的岁月，对面坐的，仍是那位慷慨仗义的刘大哥。那一刻，他几乎被感动的热泪盈眶，已无睱仔细思量刘裕为什么会对他说那些话。他甚至有些后悔动了密谋反叛的心思，好好的日子不过，胡乱猜忌，真是杞人忧天了。
就在诸葛长民心潮澎湃，对外界的感知变得麻木的时刻，可能刘裕做了什么暗号，藏在屏风背后的心腹卫士丁旿突然冲了出来，一把将诸葛长民从床上拉下，坠于地上，然后一连几拳，就把他殴毙于床侧。刘裕仍然平静地坐着，默默看着诸葛长民一命呜呼，脸上还带着未完全退去的笑意……
诸葛长民死后，他的尸体被拖到廷尉府，廷尉府的官员们以很高的效率完成了有关案件的审理工作，证明诸葛长民罪大恶极，现已被依法处决。随后廷尉府派人捕杀他的兄弟同党，诸葛为民不甘心束手就擒，挥刀与前来抓捕他的士兵搏斗至死，诸葛长民的幼弟大司马参军诸葛幼民，堂弟宁朔将军诸葛秀之也均被处死，诸葛长民的家族被彻底清除。
曾经被他管辖过的官民百姓，在得知大贪官诸葛长民已经全族被杀的消息后，无不拍手称快。一句讥讽他的民谣从此开始在建康一带传扬：“勿跋扈，付丁旿”。
至此，当年一同密谋反桓的十二个首领，除去刘裕，只有一个像老黄牛般不争名利、任劳任怨的王仲德还活在人世。
萧正峰将刘裕安全秘密地送达建康，就匆匆离开了。他还有更为艰巨的任务等着他，西征谯纵所割据巴蜀的大军正严装以待，就等着他们的主帅一到，就开始西征的步伐。
从地图上看，巴蜀四面环山，其北面是米仓山、大巴山，西面是龙门山、邛崃山、大雪山，南面是大凉山，东面是大娄山、武陵山、巫山。其中它的西部、东南部是高原，西南部是一系列的横断山脉，自少有强力政权的出现。真正对巴蜀有危险的是来自于它的北部与东部。
巴蜀的北部，越过米仓山与大巴山，就是汉中盆地，在汉中北面，隔秦岭与关中相接。由于秦岭、米仓、大巴都极其险峻，跨越极为困难。
自古以来，雄踞在关中的王朝要想征服蜀中，就得沿崇山峻岭之间的河谷而行，多处河谷峭壁绝立，只能在悬崖之上架设栈道而行。
从关中向南翻越秦岭有四条道路，分别是陈仓道、褒斜道、傥骆道、子午道，全部汇集于汉中，而从汉中到蜀中，主要有四条道路，从西向东分别是金牛道、阴平道、米仓道、荔枝道。其中军事行动最多是金牛道，因为金牛道直抵蜀地的政治心脏----成都，因此大凡伐蜀，大军自汉中南下，大多数走金牛道。但是这条道上有一座天下雄关----剑门关。自古以来号称“剑门天下雄”，自诸葛武侯在此设关以来，剑门关从未被从正面攻克过。
由于秦岭高峻，米仓山与大巴山较为和缓，因此汉中与巴蜀交流较多，巴蜀的军事部署，绝不能囿于一境，必须将汉中纳入其中。
从防御角度看，巴蜀要防御，必须要给自己留下足够的弹性空间，而这个空间就是汉中，占据了汉中，则与关中共秦岭之险，以难以逾越的秦岭作为第一道防线，以大巴山、米仓山作为第二道防线，以剑门关作为最后一道防线。巴蜀一旦失去汉中，则敌人将直趋剑门关，蜀中政权再无丝毫后路可退。
从进攻的角度看，汉中是征伐巴蜀的前站基地，占据了汉中，则北可攻关中，西可入陇右之地，发展空间陡然增大。
巴蜀的东部，主要是沿着长江与荆地相接。但巴蜀与荆地相接的地方正是三峡。三峡东西将近四百里，两岸绝壁俏立，山峰一般高出江面三百多丈，而江面最窄处不过三十多丈，可谓险绝天下。
从古至今，据有江东的政权无不汲汲以巴蜀为念，因为巴蜀位于长江的上游，对长江中下游的吴楚之地有高屋建瓴之势。
巴蜀东面的通道只有一条，就是长江，溯江而上，经过三峡，即进入巴蜀，这是从东面进攻蜀中的唯一通道。而在这条道路上，有两个非常的关口，一是瞿塘关，在瞿塘峡口。瞿塘峡是三峡最西的一个峡谷，险峻异常，当敌人溯江而上，刚刚走出数百里的三峡，就会迎头碰上瞿塘峡。在东面通道上瞿塘关的地位，犹如北面的剑门关，自古就有“剑门天下雄，瞿塘天下险”的说法。
过了瞿塘关之后，再溯江而上，就到了白帝城。在白帝城这里，由东向西水道分为三支，一支入涪江北上，直趋绵阳，抵成都之北，这条水道叫内水。一条再沿江而上，然后进入沱江，直达成都，这条水道叫中水。一条继续溯长江而上，然后进入岷江，抵达成都，这条水道叫外水。
对于进攻来说，攻占江南的捷径就是先取巴蜀，然后居高临下顺江而东。
外界天然隔绝，巴蜀的内部却大江纵横，川江东西纵横，与其南北的支流岷江、沱江、嘉陵江构成一幅较为密集的水路交通网。
自从秦昭王任命李冰为蜀郡太守，李氏父子就在岷江一带兴修水利，其中都江堰水利工程的设计完工，让蜀郡平原的灌溉变得便利，土地肥沃，无水旱之饥，这里逐渐变得富庶起来，到了后来，这里变作了沃野千里的“天府之地”。
外有山川之险，内有天府之积，自然面对外来的进攻，巴蜀就占据了极大的战略优势。
萧正峰伐蜀，从东面进攻，走的自然是水道。萧正峰率领的征蜀部队沿着长江三峡缓缓西进，因为是逆流，水道又险恶，速度非常慢，所以直到义熙九年六月才抵达白帝城。
接下来的三条水道，征伐大军到底从哪一条入蜀，这就要仔细斟酌了。当年刘敬宣伐蜀，就是取道内水，结果受阻于黄虎，无功而返。按一般常规，既然上次的内水走不通，那么这次就应改走外水、中水。但是用兵之道，己方能想到的，敌人基本能够看穿，要想做到出奇制胜，还得知彼知己。