尽管阴家这些年，一直扶持著李祐和李景兄弟两个，但对於扶植对兄弟稳定大宝和长孙氏一决高下，分庭抗礼可是一点儿把握也没有。然而此时此刻，当阴弘智看到眼前的此情此景，心中豪迈之气凸现，真可谓是我意天下，鹿死谁手，天下未可知。就在此一刻，阴弘智终於下定了决心，阴氏一族放手一搏，正式扶齐王李祐进行夺嫡之战。
李祐的外祖父阴世师，隋末与代王杨侑留守长安。隋大业十三年，李渊太原起兵后，李渊幼子李智云被阴世师所杀，年仅十四岁。阴世师、骨仪又让京兆郡访李渊家族的五庙墓葬所在并发掘；李渊入长安后，亦以阴世师、骨仪等拒义兵为由将其杀害，故阴氏与李唐可谓国仇家恨。
李祐正是出生在这种背景之下。他具体的出生年月史书无载，墓志所载享年业已失考，但是其生年的上下限可以判断。现已知唐太宗第四子魏王李泰生於武德三年，又根据唐太宗第八子越王李贞墓志所载其死於武后垂拱二年，死时六十二岁可知，李贞生於武德七年。
李祐是唐太宗李世民第五子，故其乃李泰之弟，李贞之兄。
武德八年，唐高祖诏封其为宜阳郡王，虚封食邑四千户。
次年，即武德九年，唐太宗发动玄武门之变两个月之后，登基称帝，遂改封李祐为楚王。贞观二年正月，封燕王，并拜为同州刺史。不久，改任都督幽、易等六州诸军事、幽州刺史。但是，无论是同州刺史还是幽州都督，李祐都没有去藩地。在此后直至贞观十年的八年时间里，又多次担任幽州都督。
贞观十年正月，改封齐王，拜为都督齐、青、莱、密等五州诸军事、齐州刺史。贞观十二年，因为生病滞留长安，一直到贞观十五年，才前往齐州封地。
李祐在京养病时，他的舅舅阴弘智以太宗多子为由，劝他招募壮士以自卫，并推荐自己妻子的哥哥燕弘信谒见李祐，李祐热情的接待他，并赐给他许多金钱布帛，让他招募死士。
李祐喜好游猎，结交奸邪之人。太宗认为长史薛大鼎对其管教无方，而将其免职。权万纪曾经是吴王李恪的长史，为人正直，被唐太宗任命为李祐的长史。权万纪看见李祐不守法度，多次犯颜劝谏。当时，昝君谟、梁猛彪因为善骑射而被李祐宠信。权万纪多次斥退此二人，李祐又立即将之召回，更加宠信。
唐太宗担心李祐不思悔改，多次写信责备他。权万纪担心一并获罪，就对李祐说：“大王是皇帝的爱子。陛下希望大王悔改，所以训诫教导。如果大王能约束自己承认错误，请让我入朝为大王请说。”李祐于是附表谢罪。权万纪入朝，表示李祐一定会悔改。唐太宗这才消除了怒意，并赏赐了权万纪以致谢，但是仍然以李祐以前的过错，下诏书责备他。李祐听说权万纪得到了赏赐但是自己却受到责备，以为权万纪出卖自己，心中愤愤不平，大怒道：“长史出卖我！劝我却自以此为功劳，我一定会杀了他。”皇帝以校尉京兆韦文振谨慎正直，任命其为李祐王府典军，韦文振多次谏言，李祐也很讨厌他。
然而权万纪天生心地狭隘，对李祐管教越发严厉，并放逐昝君谟、梁猛彪二人。李祐和昝君谟因此怀恨在心，阴谋杀死权万纪。事情败露后，权万纪将昝君谟等人收押入狱，并上报朝廷。唐太宗于是命令刑部尚书刘德威前往齐州处理。刘德威经查明属实，要求齐王与权万纪返京说明。
权万纪奉召先行，李祐非常恐惧，于是派燕弘亮等率20骑射杀权万纪，并将其肢解。事已至此，昝君谟等劝他起兵谋反。
於是贞观十七年三月，李祐徵发城中十五岁以上的男子，私自任命自己的左右为上柱国、开府仪同三司等官职，开府库以行赏，并驱赶百姓入城为兵，布置官署，并封亲信为拓西王、拓东王等。唐太宗于是诏兵部尚书李绩发怀、洛、汴、宋、潞、滑、济、郓、海九州府兵，与刘德威讨伐平叛。
李祐每日与燕弘亮等五人和他们的王妃梦一同宴乐，以为得志。嬉笑之间，说到朝廷征讨的官军，燕弘亮说：“不用担心，我们右手端酒喝，左手为大王用刀砍杀。”李祐宠信燕弘亮，听到此言十分高兴。唐太宗亲手写诏书责备李祐：“我曾经告诫你不要亲近小人，就是因为这个原因。你素来性情乖戾缺少德行，被谄媚的言论所蛊惑，终于招致祸端自取覆灭。痛心啊，真是愚蠢到极致。你变成枭獍一样的人，忘记忠孝，扰乱齐州，死有余辜。不能做维护国家的人，反而如堆积的薪柴一样危险；破坏了盘石一样的血缘亲近，成为寻衅滋事的因子。你违背礼和义，为天地所不容；抛弃父背叛君主，为人神所共怒。你以前是朕的儿子，今天是国家的仇人。权万纪存为忠烈，虽然死也不妨碍他成就大义；你生是贼臣，死是逆鬼。过往没有听说你有何好的名声，现在也衹有无穷的劣迹。我听说郑叔、西汉戾太子，都做过猖獗的事情，哪有父亲期望生出你这样的儿子？朕因此上惭皇天，下愧后土，叹惋之致，不知道还能说什么。”太宗写完，为之流泪。
当时李勣等人率兵尚未到达齐州，而青、淄等数州的士兵已经不听从李祐的命令；李祐又将檄文传达到诸县，各县也不跟从。有人劝李祐虏走城中的民众入豆子冈为盗匪，此事尚未确定之时，齐州兵曹杜行敏计划抓捕李祐，兵士大多愿意跟从他。三月三十日夜，杜行民乃凿通围墙而入，李祐与燕弘亮等五人身着铠甲手拿弓箭，躲到室内以期抵抗。杜行敏布列兵士将其包围，从黎明对峙到中午，不能将李祐拿下，於是对他说：“你过去是皇帝的儿子，今天是国家的贼人。杜行敏为国讨伐贼人，没有多想，大王如果不速速投降，当会被烧死。”於是，杜行敏命人把堆积薪草打算点火，李祐隔着窗户说到：“非是我不愿开门，而是担心燕弘亮兄弟二人的性命。”杜行敏回答：“我保证不伤害他们。”李祐等人於是才出来。
这时，有人抓住燕弘亮，挖出他的眼睛扔到地上，并鞭打打断他的大腿将他杀死。杜行敏抓住李祐，将其示众之后，关押在东边的厢房，齐州之乱于是平息。李祐被押送至长安，同党四十余人一并被诛杀，其余人等既往不咎。
贞观十七年四月六日，李祐以“谋反罪”被贬为庶人，赐死于长安太极宫内省，同年十月十五日以国公之礼安葬于长安高阳原。无子，国除。其墓志今已出土，墓葬难考，恐已盗掘。
朝廷授杜行敏为巴州刺史，封南阳郡公，一起谋划抓住李祐的人也皆有赏赐，齐州平陵县故改名为全节县。然而，历史的玩笑在于，李祐谋反直至被擒赐死，虽然失败，同时也间接导致太子李承乾谋反计划被发现。