左宗棠入主军机处，恰好李鸿章外放，负责统筹北洋水师的建设。因此二人并没能见面。但是此时论地位，左宗棠已经比李鸿章要尊贵的多了。
上谕说左宗棠不必每任入值，但是左宗棠却依旧吗，每天赶赴早朝。在军机处坐班更是比谁都勤快准时。左宗棠再次向清朝政府奏请新疆建省，提出乘新疆收复伊始和西征大军未撤之威，不失时机地建省设县。这样顺应民心，有利于百废待举，恢复元气，实行切实有效的管理。
慈禧太后一开始不同意这个建议的，然而左宗棠几乎是每日一奏，这让慈禧十分无奈。而且左宗棠还每天哎军机处烦扰，让恭亲王等人也很烦。最后他恳切陈词说服了清朝政府，同意着手在新疆建省。时任新疆巡抚的刘锦棠，制订了建省的具体方案。省会设于迪化（今乌鲁木齐市），下设镇迪道、伊塔道、阿克苏道、喀什噶尔道及以下设府、厅、州、县。伊犁仍设将军府，但不再统帅全疆的军政事务，政治中心移至迪化。户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。从此，新疆省正式建立。
但是李鸿章却在暗中计划着扳倒左宗棠。想要扳倒左宗棠，第一个便是砍掉他的左膀右臂。除了刘锦棠等一干将领，左宗棠最为倚赖便是胡雪岩了，所以李鸿章打算从胡雪岩身上下手。当官之人正要存心思扳倒一个商人，那实在是太简单不过了。
在一番运作之下，淮系官员几乎是人人发力，很快就有一大份包裹送到了李鸿章的书房。包裹之中所放的是各处官员搜罗来的胡雪岩不法的证物：西征时胡雪岩购买军火的账目往来，漕帮尤老五打到阜康的漕银，胡雪岩让档手去收购生丝的手令，打点一切官员、贿赂京中官员的一份清单……看到这些东西，李鸿章冷笑连连。
旁边的盛宣怀看到这些东西，心情也十分激动：“大人，现在胡雪岩已经是日薄西山。前不久他把轮船招商局的股份都卖出来了，显然是经营不顺利。现在我们通过电报探听得知，他又把全部家当都放在了生丝生意之上，阜康之中一片空虚，正是发力扳倒他的时候。现在在加上这些证据，左宗棠即便想出面保护胡雪岩的阜康，都不可能了！”
李鸿章却摇了摇头，看着清单上恭亲王、文煜这些大官的名字，他说道：“胡雪岩身后的关系太过复杂，不要想着一口气吃掉它，我们先从那些武将身上下手。”
而新疆一事收尾之后，胡雪岩本打算直接前往湖州组织收丝，但是朝廷却传来命令，要胡雪岩进京面圣。这是无上的荣耀，胡雪岩也不可能推辞，只能把收丝的事情交给了郭庆春刘不才等人，自己前往了京都。这一切自然都是因为左宗棠入主军机处之后不断又为胡雪岩美言才形成的。
胡雪岩奉旨入京，慈禧太后专门召见。见到胡雪岩的时候，慈禧太后有些意外。他本以为胡雪岩这样一个商人，应该是一个体态便便，肌肤脂白的江南人，但是却没有想到他竟然是肤色较黑，身材干瘦的山西商人模样。
听胡雪岩念了谢恩表之后，慈禧太后摆摆手：“你起来吧。”
胡雪岩站起身来，也不敢四处打量皇宫中的陈设装饰，只是低着头不敢仰视。慈禧太后看到他一副拘谨的样子，颇为满意，问道：“你都做些什么生意啊？”
“回禀太后，微臣做一些经营钱庄，又一些粮食生意。不过大头都在生丝生意上面。”
“嗯，听说你在上海，洋人都得听你的是不是？”
胡雪岩不敢自夸，如实说道：“洋人只不过是驱利之徒，并没有什么了不起的地方。无非是微臣在上海生丝市场上经营的交好，所以他们才对我客气一点罢了。”
慈禧太后却十分有兴趣，觉得在外交上洋人都是一昧的强硬，在生意上国人却能够站了便宜，也是一件了不起的事情，当下又细问了一些。
胡雪岩心情十分激动，当下把自己在商场上与洋人打擂台的事情说了说，这让慈禧太后十分的高兴，当下传旨：胡雪岩乃商贾奇男子，着令开午门正中而出，走东长安街夸官，再赴礼部特设酒宴。
于是十月底，在湖州秋丝已经悉数收购上来的时候，胡雪岩带着正二品的红顶戴，穿着补卦，骑着大白马，从紫禁城正阳门昂然而出。两排穿着铠甲手执长毛的御林军肃然站立，恭恭敬敬行礼。京都百姓无不夸赞，争相观看。万志全在人群之中看到自己东家如此威风，也是乐得直笑。
既然来了京都，自然不能不拜见做总统。次日的时候，胡雪岩便穿着官服，去军机处给左宗棠请安。新疆建省的事情落下之后，左宗棠也闲着无事，每天他都在军机处跟章京两处走来走去。
军机处在紫禁城内乾清门的西侧，背面一排房子便是军机大臣值班的地方。而南边几间狭窄的房子则是军纪章京们值班的地方。军机处实际办差事的就是这些章京。他们都是从衙门中选出来的文笔较好的，其实他们在各衙门都各有兼职。
胡雪岩来到军机处的时候，左宗棠正挺着大肚子走出门外，一边走一边还说道：“真是八方无事诏书稀，怎么我一来到军机处，就啥事儿都没有了呢？”
“这是大清之福啊！”胡雪岩搭话说道。
左宗棠一转头，看到了胡雪岩，有些惊讶：“噫？雪翁，你怎么来了？”
胡雪岩当下半跪下去大礼说道：“下官胡雪岩拜见左大人！”
左宗棠赶忙把胡雪岩扶起来，说道：“你来的可正好，本来以为你夸官之后就会回浙江呢，倒是还记得我，快快快，进来咱们聊聊。”