再说开皇末年，独孤皇后上可以动至尊视听，下可以揽权臣智力，在其强大影响力之下，隋文帝罢黜宰相高颎，废太子杨勇，改立晋王杨广为皇太子，推动中国历史的车轮滚滚向前。
然而，她无法预料曾经寄予厚望的杨广称帝后急功近利、刚愎自用，虽成就了隋朝四海之威，造就了大运河流波千年，但他内削勋贵导致离心叛变，对外用兵无度大失威望，对下滥用民力群盗蜂起，从而导致隋朝二世而亡。因此，后世不少史家学者也把隋亡责任归咎于独孤皇后。其实，杨广极其善于矫饰伪装，他的种种不良性格，在称帝之前并未暴露，独孤皇后正是被其蒙蔽了。
废易太子之后，独孤皇后身心逐渐萎靡不振，沉疴日久难愈，生命之火如同风中之烛，随时可能熄灭。
仁寿二年（602年），三月己亥（二十一日），隋文帝、独孤皇后驾临仁寿宫。
八月甲子（十九日），月晕四重。己已（二十四日），太白犯轩辕。其夜，皇后驾崩于永安宫，时年五十九岁。
隋文帝夫妇携手共渡四十五年风风雨雨。杨坚一生风云诡谲，独孤伽罗始终是他最亲密的知己、智囊和精神支柱。故而，杨坚垂暮而丧妻，顿时失魂落魄、悲痛欲绝，不胜哀愁。
善于揣测圣意的著作郎王劭立刻上书安慰称：“佛说：‘人应生在天上及上生无量寿国之时，天佛会大放光明，以香花妓乐来迎之。如来以明星出时入涅盘。’伏惟大行皇后圣德仁慈，福善征兆，载于诸秘记，皆云皇后是妙善菩萨。臣谨案：八月二十二日，仁寿宫内再降下金银之花。二十三日，大宝殿后夜间出现神光。二十四日卯时，永安宫北有自然种种音乐，声振虚空。至夜五更时，皇后奄然如睡，随即升遐（帝王死去的婉辞），与经文所说，事皆应验。臣又以愚意思之，皇后迁化（去世），不在仁寿、大兴宫者，盖避至尊（皇帝）常居正处也。在永安宫者，象京师之永安门，平生所出入也。皇后升遐后二日，苑内夜有钟声三百余处，此则生天之应显然也。”隋文帝览后，且悲且喜。
据《续高僧传》所述，独孤皇后驾崩后，异香满室、天乐震响，隋文帝大感惊异，就问天竺高僧阇提斯那法师：“此乃何等瑞相？”
“西方净土名阿弥陀，皇后往生彼国，被诸神佛迎接至西方极乐世界，故而现此瑞相。”阇提斯那法师答道。
隋文帝悲喜交集，惊叹其鉴识非凡，激动治愈，下令赏赐绵绢两千余段。这种数额的赏赐，一般只有立下汗马功劳的人才能得到。由此可见，杨坚对独孤伽罗的恩爱是何等深厚，才会心甘情愿地用这种无稽之谈麻醉自己。
九月丙戌（十一日），隋文帝与独孤皇后的棺椁一起，从仁寿宫返回大兴宫。君臣为独孤皇后定谥号为“献”，史称“献皇后”。根据《逸周书》对谥法的解释：博闻多能曰献、惠而内德曰献、聪明睿智曰献、贤德有成曰献、智能翼君曰献……后来，因杨坚的谥号为“文”，所以又称独孤皇后为“文献皇后”。
隋文帝令萧吉为皇后占卜选择葬地，萧吉走遍山原，选到一块吉地，上奏称：“卜年二千、卜世二百（占卜年可以延续隋朝基业二千年，占卜世可以延续皇统二百世）。”
“吉凶由人，不在于地。高纬（北齐后主）葬父，岂不占卜？齐国却很快灭亡。正如我家墓田，若说不吉，朕不当为天子；若言不凶，我二弟杨整不当战殁！”杨坚虽如此回答，却还是听从了萧吉之言。
接着，萧吉又上表称：“上个月十六日，皇后山陵西北，鸡未鸣前，有黑云方圆五六百步，从地属天。东南又有旌旗车马帐幕，布满七八里，并有人往来检校，部伍甚整，日出乃灭，同见者十余人。谨案《葬书》云：‘气王与姓相生，大吉。’今黑气当冬王，与姓相生，是大吉利，子孙无疆之候也。”隋文帝大悦。
独孤皇后的葬礼规格非常之高，陵墓制度多由一人之下、万人之上的尚书左仆射杨素亲自负责。杨素放下政务，为皇后寻觅陵寝之地，统筹安排丧葬各项事宜。身为第一宰相的杨素，带着人马整日风吹日晒，亲自到荒郊野外为皇后寻找风水宝地，而后建设山陵等，事无巨细，杨素皆亲力亲为，辛苦不已。隋文帝得知后大为感动。
后来，隋文帝特意下诏表彰杨素之功，诏书称：“君为元首，臣则股肱，共治万姓，义同一体。上柱国、尚书左仆射、仁寿宫大监、越国公杨素，志度恢弘，机鉴明远，怀佐时之略，包经国之才。……论文则词藻纵横，语武则权奇间出。既文且武，唯朕所命，任使之处，夙夜无怠。献皇后奄离六宫，远日云及，茔兆安厝，委素经营。然葬事依礼，唯卜泉石，至如吉凶，不由于此。素义存奉上，情深体国，欲使幽明俱泰，宝祚无穷。以为阴阳之书，圣人所作，祸福之理，特须审慎。乃遍历川原，亲自占择，纤介不善，即更寻求，志图元吉，孜孜不已。心力备尽，人灵协赞，遂得神皋福壤，营建山陵。论素此心，事极诚孝，岂与夫平戎定寇比其功业？非唯廊庙之器，实是社稷之臣，若不加褒赏，何以申兹劝励？可别封一子为义康郡公，食邑万户，子子孙孙，承袭不绝。余如故。并赐田三十顷，绢万段，米万石，金钵一，实以金，银钵一，实以珠，并绫锦五百段。”
简言之，在隋文帝看来，杨素为独孤皇后营建山陵，经营葬事的功劳，比他南征北战、平戎定寇、肃清吴越的功绩还重要。此时此刻，杨素深受隋文帝厚爱，达到他一生中受宠的巅峰。
关于独孤皇后的丧仪，可以从佛教典籍种获悉一鳞半爪，从而想象当年葬礼的盛况。根据《续高僧传》记载：“文献皇后既崩。福事宏显。隋文帝即召日严英达、英声大德等高僧五十许人，皆号智囊同集宫内，承明内殿连时行道，在皇宫内举行七七四十九天的宏大法会，超度皇后亡魂。”
然后，皇太子杨广亲临听讲《净名经》，召日严大德四十余人，皆为四海宗师、一时翘楚。与杨广有渊源的扬州天台国清寺也为大行皇后设斋祈福超度，隋文帝厚加赏赐。
此外，汉王杨谅从晋阳带回高僧志念，自为施主，为母后经营法祀。至于其他追悼活动，更是多不胜数。
同年冬季，闰十月，已是天寒地冻、雪虐风饕，六十二岁的隋文帝做出一个令人震撼的决定，他决定亲临发殡、亲自为妻送葬。群臣担忧皇帝年事已高，不便远行，却又不敢妄言。
术士萧吉上奏劝谏道：“陛下本命辛酉，今岁斗魁及天冈，临卯酉，谨按《阴阳书》，不得临丧，否则将于国不利。”
然而，素来迷信至深的隋文帝，却对此置之不理。当年，十七岁的杨坚把十四岁的新娘独孤伽罗迎娶入门，从此，二人血肉相连、难舍难分。如今，虽是阴阳相隔，无论如何杨坚都要陪着爱妻走完人生最后一程。因此，即使萧吉术士劝阻，隋文帝也要“逆天而行”。
萧吉退朝后，告诉族人萧平仲道：“皇太子派遣宇文述向我深表谢意道：‘公从前称我当为太子，竟然得到应验，终不忘也。如今宫占卜陵地，务令我早日即位。我称帝之后，当以富贵相报。’我对宇文述说：‘四年之后，太子君临天下。’而今山陵气应，皇帝又临丧，征兆愈发显现了。且太子得政，隋朝将亡矣！我之前欺骗说‘卜年二千’，是三十年；‘卜世二百’，取世二传也。吾言而有信，你应记住此事！”
就这样，垂暮的隋文帝力排众议，亲自冒着严寒，奔波数百里，终于将爱妻送到太陵陵园。闰十月，壬寅（二十八日），文献皇后安葬于太陵。
皇后崩年五十九岁，古人云：“人过五十，不称夭寿”，在当时并不算低寿。杨坚、独孤伽罗携手共进四十五年，他们是同舟共济的朋友，柔情蜜意的情人，相濡与沫的夫妻，更是志同道合的知己。
开皇十五年，岐州仁寿宫建成后，隋文帝夫妇就爱上这座避暑离宫。开皇十七年起，每年春天，隋文帝和独孤皇后都要离开大兴城去仁寿宫避暑，待到秋高气爽的九月再回京城。仁寿二年，独孤皇后去世于此地，夫妻双宿双飞已成往事。仁寿三年，隋文帝整年都窝在京城大兴宫，不忍去爱妻离世之地触景伤情。
这一年，隋文帝却一反自己勤俭朴素的作风，为纪念笃信佛教的独孤皇后，并为其祈祷冥福，耗费巨资修建了一座天下最大的禅定寺，该寺规模太过壮丽，直到隋炀帝时期才完工。史料亦称禅定寺“周闾等宫阙”，其面积略小于现在的北京故宫。
据佛教典籍记载，禅定寺 “堂盘万础、殿堂高竦、房宇重深、复殿重廊、连甍比栋、幽房秘宇……宛如天苑举国莫有”，时论皆以为“工费极殚”。禅定寺不仅在当时“举国崇盛莫有高者”、”天下伽蓝之盛莫与于此”，两百多年后，唐宣宗仍然认为禅定寺乃“天下梵宫，高明寡匹”。
隋文帝一边修建禅定寺为爱妻祈福，同时下诏有司备礼，诏全国各地一百二十名大德高僧及其弟子入住禅定寺。高僧来自全国各地，可谓佛教史上一次大规模的交流盛会。
还是在仁寿三年，杨广次子、豫章王杨暕从扬州带来释迦牟尼佛牙舍利，进献给祖父杨坚。其年五月十五日，隋文帝下令将佛牙送往禅定寺供养，并派高僧法喜保管。
至于这颗中国独一无二的佛牙舍利，到了唐朝末年，黄巢起义军攻入长安，唐僖宗逃跑到蜀地之时，仍然不忘带上这颗佛牙舍利，其珍贵可想而知。佛牙舍利几经颠沛流离，目前保存于北京西山灵光寺，已是世界级的圣物。
宫里追念文献皇后的佛事仍在继续，隋文帝总要亲临现场。一次，灵干为皇后述忏，在场的隋文帝想起爱妻，唏嘘伤感，竟然情不自禁地泪流满面。
一眼望穿千载光阴，隋文帝和独孤皇后的感情依然真挚动人。是何恩爱之情，始终之义，若此者也！
《隋书》史臣曰：帝未登庸，早俪宸极，恩隆好合，始终不渝。
【小剧场】
君臣为独孤皇后定谥号为“献”，史称“献皇后”。因杨坚的谥号为“文”，所以又称独孤皇后为“文献皇后”。
独孤伽罗：“不知道诸位查找文献时，是否会想起本宫的谥号？”