由于胡雪岩曾经当过电报局特使，与美国电报商人又有关系，在这三年间，胡雪岩早已经建立其了从北京到上海再到杭州的电报网络。所以胡雪岩这些年也才能够安心待在杭州。并不是他不再过问自己的生意，而是他完全可以带在杭州，就遥控指挥各地的生意。
京都同意复审的消息出来以后，杨昌浚不知道，胡雪岩便已经得到了确切的答案。收到答案之后，胡雪岩再一次去了大牢。他知道，这件事情到这里，基本上可以划上句号了。既然慈禧太后亲自过问，那么杨昌浚铁定是要被拿下了。
到了大牢之后，胡雪岩先是去看了杨乃武。
整整半年时间，杨菊珍上访北京到现在也没有消息。杨乃武一个人在牢房中，等得十分焦急，看到胡雪岩，杨乃武十分激动，连忙问道：“胡大人，事情终于有结果了吗？”
胡雪岩点了点头：“一个好消息，一个坏消息，你先听哪一个？”
杨乃武一愣，怎么还会有两个消息呢？他抿了抿嘴唇说道：“我先听好消息。”
“好消息就是你姐姐上访成功了，太后批复，决定把你提至京都，三堂会审。这一次，你肯定是要翻案了。”
“那，那坏消息呢？”
“你姐姐去世了，遗体估计还有十天就到杭州了。”胡雪岩淡淡的说道，脸上不见悲喜。
杨乃武一头磕在了牢房上，眼泪不知觉先流了下来。
“她怎么死的？”
“滚钉板之后虽然及时医治，但是伤势太重，血流不止，没三天就去世了。”
“啊！”杨乃武仰天长叹，继而毫无男子汉气概，头顺着木桩滑落到地上，戚戚艾艾地哭了起来，哭得痛彻心扉。
……
胡雪岩转而又去见了小白菜。见到小白菜的时候，胡雪岩先是一笑，然后说道：“好久不见啊。”
“是呢，胡大哥你又一年多没有来看过我了。”小白菜淡淡说道。
“你的案子就要被平反了。”
小白菜点了点头：“我猜也是，要不然你不会笑着跟我说。”
小白菜表现的十分平静，笑容颇有一种风暴之后的雪莲花的姿态。
……
京城来了消息以后，杨昌浚派候补知县袁来保做押解委员。刘锡同也是一道去的，刘此时名义上是说赴京督验尸骨，但已是一个待罪备讯的官员，在路上还是威风十足，仆从轿马随侍左右，还随带一名刑名师爷同去。解差都如狼似虎，沿途不许犯人证人说话，夜间睡觉，枷锁手铐亦不宽松。随去的师爷途中威吓秀姑不准翻供，秀姑只是一笑了之，并不多说话。
京都这次也是准备充分，除了杨乃武、毕秀姑以及葛品连的母亲葛氏，还连带责令把爱仁堂药铺店伙杨小桥，钱宝生的母亲钱姚氏都一并押解到京城。与对待杨乃武和毕秀姑不同，官差们对待钱包通相关的人十分优待，钱包通母亲姚氏更是常和差人在一道吃饭。刘锡同还想着笼络他们两个为自己说话，殊不知京都志宏还有一个何氏已经招供，签字画押，等待他的不会是好结果。
杨乃武身上受刑的创伤，沿途曾给予诊治，尤其是膝盖处跪烧红铜板留下的灼伤，着实费了刘锡同不少力气。这样做，也就是为了要消灭严刑逼供的证据。
葛品连的尸棺被装在船上，一并运送到京城，每到一个州县，都要加贴一张封条，有两个差人看守。以后传说尸骨已经掉换过，没有这回事。当时天津闹过教案不久，路上交通不便，一个多月才到北京。到北京后，犯人、证人都被关进刑部大牢。
到北京没有几天，刑部就举行大审，又叫三法司会审。头一天大审，刑部两个尚书到堂，都察院也有人参加会审，两边陪审的、观审的，有不少侍郎、御史。观审的以江浙和两湖的在京官员为多。夏同善、张家骧那天也到了。虽说是御审，可是光绪皇帝和慈禧太后并没有出面。
坐在上面发话讯问的，一个是刑部浙江清吏司郎中刚毅，另一个是都察院刑科主事。两个主审官刑部尚书桑春荣、皂保最后到。落座时，犯人都已带进，差人喊堂示威。问官问了姓名以后，就叫杨乃武把如何与葛毕氏通奸，如何设谋毒死葛品连，从实招供。
此时已然到了京都，看到再做的官府无一不是二品以上大员，杨乃武心中底气也很足，把案子发生经过，从头到尾，详细削辩，禀明自己既未与葛毕氏通奸，更无合谋毒死葛毕氏亲夫之事，而以前在府在省，都是畏刑诬服，死实不甘。随后问询毕秀姑，毕秀姑也从实交代，并无一点隐瞒。只是在陈述只是，毕秀姑并无杨乃武一般的愤慨激昂，即便是陈述刘海升奸污她那一段，也仿佛是一个毫不相关的人在讲别人的故事，让在座各个官员听着都觉得有些不太真实。
第一天问了两个主犯就结束了。第二天、第三天审问尸亲及证人。中间又停了几天，最后是提全案犯人见证大堂质讯。门丁沈彩泉，仵作沈祥，爱仁堂药铺伙计杨小桥，这一次都供出了真情。
刘锡同此时看到如此大的阵仗，也不敢多言，更不敢乱耍花招，只是乖乖跪在一边。不过直到此时，他也还是官员装束，不像个犯人。
杨小桥供称并不知有卖砒情事，药铺进货簿上从来也没有进过砒霜。钱包通的母亲供亦如之。仵作沈祥供称，验尸的银针没有用皂角水擦洗过，只见口鼻血水流入两耳，就在尸格上填了七窍流血。曾与门丁沈彩泉争执，一说砒毒，一说烟毒，尸单上就含糊注了个服毒。
门丁沈彩泉供出了陈竹山在门房劝钱包通出具卖砒甘结的经过。当门丁、仵作供出以上情事时，刘锡同站起来掳袖掀须扑到两个人的前面举拳殴打二人，骂他们信口胡说。问官大声叱止，他还不听，两个差役硬把他拉到原地跪下。当问官讯问刘锡同，录他的口供时，他又咆哮起来，说他是奉旨来京督验，并不是来受审的，反责问官糊涂，不应把他当犯人看待。
当问官问他银针并未擦洗，为什么上详时说银针已用皂角水擦洗过？为什么不叫钱包通与主犯对质，却叫陈竹山、章纶香劝诱钱宝生出具书面甘结？为什么将沈喻氏原供口鼻流血改为七窍流血？刘锡同均瞠目不答。
刑部大审以后，一八七六年，也就是光绪二年十二月初九日，刑部尚书桑春荣带领刑部堂官六人，司官八人，仵作、差役四十余人，带同全部人犯见证，到海会寺开棺验尸。开棺以前，先叫刘锡同认明原棺无误，即由刑部仵作开棺。司官先验，堂官再验，验得原尸牙齿及喉骨皆呈黄白色，四围仵作皆说无毒。
再叫余杭原验仵作沈祥复验，问他有毒无毒，沈祥低头不语。又叫刘锡同去看有毒无毒，刘锡同至此气焰始落，面色惨白，全身发抖。
验尸时，寺内寺外看的人很多。《申报》的法国记者也在场，他看到木笼里两个穿红衣的犯人，跑到笼边看了又看。开棺时，又跑去看验尸，及听说验尸结果无毒，又跑回木笼边对杨乃武说：“无毒，无毒！”这个记者从一开始追踪杨乃武的案情，到后来对杨乃武的遭遇也十分同情，经常去杭州府大牢看望杨乃武。此时眼看杨乃武就要被平反，他也十分的高兴。
当刑部平反尚未奏结时，四川总督丁宝桢正在北京。他认为刑部对此案不应平反，承办此案各级官员并无不是，不应给予任何处分，主张主犯仍应按照原拟罪名处决。他听说刑部要参革杨昌浚及有关官员，便跑到刑部大发雷霆，面斥刑部尚书桑春荣老耄糊涂，并威吓说，这个铁案如果要翻，将来没有人敢做地方官了，也没有人肯为皇上出力办事了。桑春荣此时却隐隐察觉到这案子有些不同寻常，而且到现在铁证如山，杨昌浚误判冤枉杨乃武已经是大白于天下的事实，仍有丁宝桢在如何分说也没有什么作用。
丁宝桢又盛气质问验骨的司宫，说人死已逾三年，毒气早就消失，毒消则骨白，怎么能够凭着骨是黄白色，即断定不是毒死是病死呢?认为刑部审验不足为凭。桑春荣见丁宝桢这样气势汹汹，也犹豫起来，怕因此引起政治上的问题，对丁宝桢极力敷衍，答应再慎重研究。
当丁宝桢在刑部大肆咆哮时，刑部大小员司，没有一个人敢与他争辩。只有侍郎袁保恒说：“刑部是奉旨提审勘验，是非出入自有‘圣裁’，此系刑部职权，非外官所可干预。”
一省总督的丁宝桢听到这样的回复，也无可奈何，只能悻悻而去。
刑部尚书桑春荣年老颟顸，本受了杨昌浚的书帕，有意帮杨昌浚压下此案。可是此时他隐隐注意到慈禧太后对这件案子的关注，也不敢在胡乱插手，所有事情一任司官办理，别人说要平反，他亦主张平反，经丁宝桢这样一威吓，就拿不定主张，不敢出面参革了。对参革各员的疏奏，就一改再改，迟迟不复。
而夏同善等人知道刑部在为杨昌浚、胡瑞澜等人开脱，就由御史王昕出名上了一个奏折，弹劾杨昌浚、胡瑞澜，说这些地方官员，平日草菅人命，而某些封疆大吏，更是目无朝廷，力请重加惩办。
由于这两派的争吵，刑部平反的疏奏，拖了两个多月，迟迟不上，杨乃武在监牢里更加着急。过去自谓是死定了，现在既有生望，急盼事情能够早决，早脱牢笼，担心拖下去，又要变卦。当时并不知道朝中正在争吵，在狱中真是度日如年。这案子一直拖到一八七七年二月二十日，刑部的疏奏才上去，二月十六日平反的谕旨才下来。
之所以如此，也是慈禧太后所有考虑。当时刘锡同等人一被押入京城，慈禧太后便已经知道，这一次她已经死死吃定杨昌浚等一干人等了。于是立马就吩咐左宗棠挺军如新疆，并升任左宗棠为新疆大督统，总管新疆一切事物。她一方面要剪除左宗棠的羽翼，一方面又要仰仗左宗棠为他办事儿，所以事情不能做得太急，只消得一步一步慢慢来，给足左宗棠面子。等到一八七七年的时候，左宗棠在新疆的局面已经是一片大好，收复新疆只是时间问题，不过也就是两三个月的的功夫了，慈禧太后才最后给案子敲了定音锤。
杨乃武出狱的时候，已是在一八七七二月底了。他出狱后，曾到在京的浙省官员家，踵门叩谢，有见的，有不见的。从京里回来的路费，仍然是胡雪岩帮助的。杨乃武死里逃生，虽是夫妻父子重逢，但受此打击，人虽未亡而家已破，痛定思痛，实在是悲多欢少了。
封建朝代的官场中，官总是为官，案子虽说是平反了，但对承办此案的大小官员，在处理时，仍是极尽维护之能事。杨昌浚虽然革职了，光绪四年又复起用，官至漕运总督、闽浙总督。刘锡同虽是充军到黑龙江，但对刘锡同的儿子刘子翰却完全开脱了。胡瑞澜奏复时捏造说刘锡同儿子早于一年前回家去了，刑部对这一点虽没有再提，仍是说他儿子与此案无关。其余所有承办此案的知府、知县，都只是革职了事。
刘锡同、杨昌浚都曾行贿，刑部却说并无贿送情事。我父刑伤几成残废，我看到时还是两膝创伤累累，刑部却说刑伤业已平复，并无伤筋折骨情事。所谓平反，实是反而不平。
对其他有关人员处理也是很轻的，余杭仵作沈祥，将病死尸体认作服毒，检验不实，使无辜惨遭重刑，只是杖80，徒二年。刘锡同的门丁沈彩泉，毫无根据即说是砒毒，也只杖100，流3000里。陈竹山在监病死。章纶香为虎作伥，写信给钱宝生叫他承认卖砒，但只是革去训导，杖刑都免了。
对不应加罪的，却判了罪。如沈喻氏杖100，徒四年；王心培、王林、沈体仁也杖80。毕秀姑吃了这样多的苦头，也要杖80。我父举人革职。至于杨昌浚、胡瑞澜，刑部在疏奏时并未提出参革意见，是慈禧下平反谕旨时，将两人革职的。还有刑部主事某因资助沈喻氏旅费，也受到处分。杨乃武出狱后，家产荡然，生活困难，依靠亲友帮助，赎回几亩桑地，以养蚕种桑为生，专心研究孵育蚕种。
余杭盛产丝棉，行销省外。我家世代养蚕，对育种积有一定经验。过了三年，杨乃武所育蚕种名气就传开了，远近都来买。蚕种的招牌记号是“风参牡丹，杨乃武记”。凡杨家出卖的蚕种，都盖上这个牌记。每到育种时，全家大小日夜忙碌，家里生活也日渐好转。我母亲有一天到桑园去收取晾晒的衣服，眼晴碰坏了，从此失明。
杨乃武有时也替别人写写状子。只不过状子写在一块水牌上，要当事人自己抄。自己不会抄，就请别人抄，抄好即抹去，因为是惊弓之鸟，怕官府来找麻烦。
而毕秀姑出狱后，回到余杭，在南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。
庵里没有香火，她便以养猪、养鸡了其残生，死于一九三零年，坟塔在余杭县东门外文昌阁旁边。
而自从上京之前，胡雪岩去大牢看望过小白菜一次之后，便再也没有跟她有过交集。后来胡雪岩被抄家之时，小白菜曾虔心祈祷无数天，这些自然是后话。
风起于萍末，侠行于事先。胡雪岩在这件事情中，操劳于前而不记名于后，是个真了不起的人。