话说李自成的军队抵达常州的时候，人马不过分兵两万，而何桂清手下光绿营军就有两万五千余人。再加上五千稽鹤翁亲自训练的湖州团练，还有胡雪岩聘请的三千洋枪队，常州之战，何桂清不光在人数上占优势，而且在装备上优势更大。更不用说常州城里粮食储备早就被胡雪岩填得满满当当。何桂清的任务更是简单，只不过是守住常州城而已，而不是剿灭李秀城的部队。
何桂清曾经问计于稽鹤翁，稽鹤翁虽然是个地道的中国人，也没有上过洋人的学校，但是打仗的理念却十分先进。他知道何桂清是个中看不中用的家伙，也没有给他操作难度太高的战术指导，只是安排了绿营军负责在城外坚守，沿着反贼必须行进的路线梯次配置，两袖长龙夹击长毛。稍有见效则派团练与洋枪队果断出击，先让不知深浅初来乍到的李秀成吃一个大亏。然后在沿城而守，且战且退，最后再关闭城门，以常州一年之饷粮，固守常州也没有什么后顾之忧。
谁知道李秀成在第一次遭到绿营军的夹击之后，立马见识到了厉害，果断撤退。而何桂清好大喜功，以为这个曾经打败过曾国藩和左宗棠的李秀成不过是匹夫之勇，在自己面前毫无还手之力，竟然派兵追击长毛。
起初这两袖长龙阵倒也厉害，杀得长毛一阵慌乱。但是李秀成见势头不对，立马回身鏖战，竟然拿出了楚霸王的气势，不要从这两袖长龙阵的前后出口突围，反而杀到阵中，硬要拦腰斩断这“两条长龙”。
正鏖战间，何桂清亲自率领洋枪队和湖州团练前来追击。但是从来没有正儿八经上过战场的何桂清一看到长毛在李秀成的带领下，在绿营军中横冲直撞，吓得魂不附体，立马率领七千精锐回到了常州成，说是想办法守住常州就好！同时他也下令让绿营军按照稽鹤翁的吩咐且战且退，退到常州城内。
其实何桂清赶到战场的时候，虽然绿营军的阵营已经被打乱，但是长毛自己更是乱的一塌糊涂，只要七千精锐突然杀入战场，长毛必然要失败！奈何何桂清胆小如鼠，竟然直接退回到常州城了，略站上风的绿营军看到前来支援的精锐突然车里战场，立马就失去了士气。此时何桂清再要求大家且战且退，大家更是觉得这一仗又要输了，慌不择路地逃命。奈何战线拉得太长，绿营军根本来不及撤回常州成内。而李秀成则策马长啸，一路追赶，绿营军顿时大败！
李秀成看到前来支援的团练和洋枪队时，自己心里也十分害怕，觉得自己这一次轻敌，可能要遭逢大败。谁知道主将竟然荒唐地选择了撤军！这让李秀成一下就看出来驻守常州的主将是个脓包，当下二话不说乘胜追击，直接来到了常州成下安营扎寨！
绿营军回到常州的虽然十不足一，但是守城这种战斗，向来就是以少胜多的。只要有对方十分之一的兵力，守城也会非常简单。更何况何桂清现在手里还有一万多人，而李秀成部一战之后，也有不少伤亡，能参与作战的也不过一万五左右。但是何桂清晚上站在城头，看到城外乌泱泱一片篝火炊烟，吓得腿肚子直打转。回忆起白天看到长毛跟魔鬼一样在战场上所向披靡地杀人，何桂清心里想到：“这样的人来攻打常州，我怎么能守得住！”
回到衙门之后，何桂清坐立不安，觉得自己要是在常州带下去，一定会死的。于是他连夜召集了常州的地方绅士地主财主，说自己现在突然收到圣旨，要移地上海，协同办理借师剿匪一事。让大家在常州千万帮忙固守常州。
何桂清想着，兵书上说得好，“凡先处战地而待敌者佚，后处战地而趋战者劳，固善战者，致人而不至于人。”这李秀成虽然有匹夫之勇，但不一定懂得攻城略地的谋划。常州成立粮食充分，将士众多，有我没有我其实都一样。要是常州侥幸能够守住，我到时候让胡雪岩帮忙联络一只洋枪队，再赶回常州，这功劳还是我的。要是常州失陷了，我不再常州主事，也不管我的事儿。再说了，这么多年皇上十分看重我，也不可能因为这么一件小事就问罪于我。
他自我安慰着常州可守却不愿意留，他宁愿相信自己逃走对战事也没有什么影响。他真是低估了主帅临阵脱逃对战争的影响。
何桂清一走，整个常州的守军顿时都失去了主心骨。逃兵开始出现，常州城里的百姓富豪也都开始撤离。守城之战还没有打，大家就都觉得这事儿一定会输！
于是乎，常州三日之内就被李秀成给拿下了。
听闻到常州失陷，何桂清暗自庆幸自己有先见之明，殊不知咸丰皇帝在收到战报之后，当场吐血，情绪激动，大喊：“何桂清这厮竟然如此不中用！”他的死对头曾国藩更是早已经上书一封，说道：“疆吏以守城为大节，不宜以僚属之一言为进止，大臣心迹定罪就不必以公廪之有无为权衡，守土有责，自古乃为臣之必然。”要求朝廷立马捉拿何桂清治罪。
常州失陷，官场民间的舆论大哗，而早已出逃的何桂琴已经到了苏州。
苏州知府徐有壬本来是何桂清的下属，但是这一次他不仅没有出城接待何桂清，反而是紧闭城门，站在城头大骂何桂清。何桂清起先恼怒，但是自己一想也觉得自己没有占着道理，向来喜欢写奏章说道理的他也只好怏怏夹着尾巴离开。何桂清一走，徐有壬立马上述弹劾何桂清弃城丧师，纵兵扰民。
何桂清赶到常熟的时候，本想着能找个小县令先休息一番，没想到当地的县令联合地方乡绅联名递出一个公禀，说道：“常熟小县，不足烦两江总督亲驻，请免尊驾以召寇”。何桂清这下是欲哭无泪，一路从常州赶到这里，他还没有落过脚呢。跟着常熟县令好说歹说，才在常熟县休息了几天。但是这常熟县令不久就收到同僚的书信，说朝廷上已经把何桂清定为罪臣，千万不要跟他打交道。常熟县令赶忙筹集了一千两银子，请何桂清离开。
何桂清现在也觉察到形式不对了。
他担心朝廷真的会怪罪于他，当下离开常熟县，也不敢四处招摇了，直接来到了上海，想着在租界里躲一躲风头。
可是他最终还是被朝廷的人抓了起来，胡雪岩虽然在洋租界有关系，但也没有帮何桂清的忙。何桂清被抓起来之后，很快就被定罪，秋后问斩。这些自然是后话。